Murakami Ryū có tên khai sinh là Murakami Ryūnosuke (村上龍之助 (Thôn Thượng Long Chi Trợ), Murakami Ryūnosuke?). Tên của ông được đặt theo tên nhân vật chính của Daibosatsu-tōge (大菩薩峠 (Đại Bồ Tát Đèo), Daibosatsu-tōge?), bộ trường thiên của tác giả Nakazato Kaizan (1885–1944). Ông sinh ngày 19 tháng 2 năm 1952 tại thành phố cảng Sasebo, tỉnh Nagasaki—là nơi có căn cứ Hải quân Mỹ chiếm đóng, và là con trai duy nhất trong gia đình có mẹ là giáo viên dạy Toán và cha là giảng viên Mỹ thuật. Ông học tiểu học tại trường công lập Mifune, học cấp hai tại trường Kōkai.

Năm 1967, ông nhập học trường trung học Bắc Sasebo. Trong thời gian học tập tại đây, ông tham gia sáng lập ban nhạc rock và giữ nhiệm vụ chơi trống. Một thời gian sau khi ban nhạc tan rã, ông gia nhập câu lạc bộ báo chí rồi nắm vị trí chủ bút của tờ báo trường. Một năm sau, khi tàu sân bay nguyên tử USS Enterprise cập cảng Sasebo, Hội Liên Hiệp Sinh viên Toàn quốc đã phát động cuộc đấu tranh chống tàu sân bay nhằm hưởng ứng phong trào phản chiến. Sự kiện này đã có tác động mạnh mẽ đến Murakami Ryū, dẫn tới sự kiện ông cùng bạn bè lập hàng rào phong tỏa sân thượng trường học vào mùa hè năm 1969. Vì lý do này, ông bị quản thúc tại gia trong vòng ba tháng. Trong thời gian bị quản thúc, ông có dịp tiếp xúc với văn hóa hippie, và văn hóa này đã ảnh hưởng sâu sắc đến tư tưởng của Murakami trong suốt những năm về sau.

Sau khi tốt nghiệp trung học vào năm 1971, ông thành lập một ban nhạc rock, tổ chức lễ hội nhạc rock với sự giúp đỡ của Hội quán Văn hóa, đồng thời sáng tác kịch bản và tham gia sản xuất phim nhựa indie 8mm. Cũng trong mùa xuân năm này, ông lên Tokyo học ngành tranh lụa tại trường Nghệ thuật Gendaishichosha nhưng đã bỏ học chỉ sau nửa năm. Từ tháng 10 năm 1971 đến tháng 2 năm 1972, ông chuyển đến sống tại Fussa, một địa điểm nằm gần căn cứ Không lực Mỹ. Năm 1972, ông học khoa thiết kế cơ sở thuộc trường Đại học Mỹ thuật Musashino. Năm 1976, Murakami Ryū gặp rồi kết hôn với vợ là một nhạc công.